V místě dnešní Rajské zahrady byla původně vinice patřící faře sv. Mikuláše na Starém Městě. Vznik zahrady je datován do roku 1863 kdy zde vznikl park coby součást zeleného pásu okolo pražských opevnění, který budovalo město pražské. V druhé polovině 19. století zde fungovala oblíbená zahradní restaurace, kde se konaly bály, koncerty a startovali zde ke svým letům v balónech vzduchoplavci. V roce 1885 se zde dokonce konala velká zahradní slavnost. Slovo zahrada však získala v roce 1887 díky slavnému českému zahradnímu architektovi Františkovi Josefovi Thomayerovi – autorovi parku před Willsonovým nádražím, či Thomayerových sadů. Na jeho popud městská rada rozhodla o přesunutí zásobní zahrady městských sadů na tyto pozemky. Byly zde vystavěny skleníky, odkud pocházely například všechny květiny, jimiž byla obsypána Praha během návštěvy císaře Franze Josefa v roce 1891. Za první republiky a po druhé světové válce začala zahrada postupně ustupovat okolní zástavbě. Její dnešní podoba je tak pouze torzem původní rozlohy. Zbytky secesního skleníku však byly na místě vidět ještě v 60. letech minulého století.Současný park vznikl v letech 2006 až 2008 a představuje jeden z nejmodernějších parků v Praze s řadou herních a rekreačních prvků. Součástí parku je i umělý vodní tok s kaskádami, tedy jakýsi vodopád.
